马达加斯加地形独特,各地气候差异较大。东部属于热带雨林气候,终年湿热,年降水量达2000~3800毫米,年平均气温约24℃;中部高原属于热带高原气候,气候温和,年降水量为1000~2000毫米,年平均气温约18℃;西部处在背风一侧,降水较少,属于热带草原气候,年降水量为600~1000毫米,年平均气温约26.6℃;南部地区属于半干旱气候,年降水量低于600毫米,年平均气温约25.4℃。
受季风的影响,全岛4—10月为旱季,11月—次年3月为雨季。
首都塔那那利佛海拔约1280米,年平均气温20℃。